Voor de schoolgebouwen en –terreinen zijn de algemene BTW-regels uit de Wet op de omzetbelasting 1968 (Wet OB) van toepassing. Dit betekent dat er geen bijzondere BTW-vrijstelling voor de levering van schoolgebouwen en –terreinen van toepassing is.

Over de levering van onroerende zaken is BTW verschuldigd bij een nieuw gebouw in de eerste twee jaren na de eerste ingebruikname (de handelsfase), of als het gaat om de overdracht van onbebouwde grond als sprake is van een bouwterrein (artikel 11, lid 1, onder a., Wet OB). Ook bij een ingrijpende renovatie kan sprake zijn van een nieuw vervaardigde onroerende zaak en dus BTW heffing bij levering binnen de eerste 2 jaar na eerste ingebruikname.

De levering van voorzieningen huisvesting onderwijs gaat in de meeste gevallen om de levering van de grond door de gemeente aan het schoolbestuur. Er is voor de BTW sprake van een bouwterrein als sprake is van onbebouwde grond waaraan met het oog op de bebouwing bewerkingen plaatsvinden of hebben plaatsgevonden of als voorzieningen zijn of worden getroffen ten behoeve van de grond of een bouwvergunning is verleend. Zie artikel 11, lid 4, Wet OB. Er vindt dan (als sprake is van een belaste levering) BTW-heffing plaats over de integrale kostprijs op grond van artikel 3, lid 3, onder b. in samenhang met artikel 8 lid 3 Wet OB.

Voor het schoolgebouw ontvangt het schoolbestuur namelijk op basis van de criteria en vergoedingsnormen van de modelverordening voorzieningen huisvesting onderwijs een genormeerde vergoeding of een vergoeding op basis van de feitelijke kosten. De vergoeding die het schoolbestuur ontvangt is inclusief BTW. Voor de werken/diensten/leveringen van 'derden' betaalt het schoolbestuur als bouwheer van het schoolgebouw (artikel 103 van de Wet op het primair onderwijs (WPO)) gewoon BTW.

Is geen sprake van een bouwterrein of een levering van een gebouw (eventueel met grond) meer dan 2 jaar na eerste ingebruikname dan is geen BTW verschuldigd.

In artikel 4, lid 1, onder b. van de Wet op het BTW compensatiefonds (Wet BCF) staat dat het BTW compensatiefonds niet geldt voor prestaties die, indien zij door een ondernemer worden verricht, zijn vrijgesteld ingevolge artikel 11 Wet OB. Onderwijs is vrijgesteld op grond van artikel 11, lid 1, onder o. Wet OB. Daarom is onderwijs uitgesloten van het BTW-compensatiefonds.