Er geldt geen bijzondere BTW-vrijstelling voor de levering van schoolgebouwen en -terreinen. De algemene BTW-regels uit de Wet op de omzetbelasting 1968 (Wet OB) zijn van toepassing.

Over de levering van onroerende zaken is echter alleen BTW verschuldigd als er sprake is van een nieuw vervaardigd gebouw in de eerste 2 jaren na het tijdstip van eerste ingebruikname (de handelsfase) of als het gaat om de overdracht van onbebouwde grond als sprake is van een bouwterrein (artikel 11, lid 1, onder a., Wet OB). Ook bij een ingrijpende renovatie kan overigens sprake zijn van een nieuw vervaardigde onroerende zaak en dus BTW heffing bij levering binnen de eerste 2 jaar na eerste ingebruikname.

Er is voor de BTW sprake van een bouwterrein als sprake is van onbebouwde grond waaraan met het oog op de bebouwing bewerkingen plaatsvinden of hebben plaatsgevonden of als voorzieningen zijn of worden getroffen ten behoeve van de grond of een bouwvergunning is verleend. Zie artikel 11, lid 4, Wet OB. 

Er vindt dan (als sprake is van een belaste levering) BTW-heffing plaats over de integrale kostprijs op grond van artikel 3, lid 3, onder b. in samenhang met artikel 8 lid 3 Wet OB.

Is geen sprake van een bouwterrein of een levering van een gebouw (eventueel met grond) meer dan 2 jaar na eerste ingebruikname dan is geen BTW verschuldigd en geldt voor de overdrachtsbelasting een vrijstelling op grond van artikel 15, lid 1, onder k., Wet op belastingen van rechtsverkeer. In dergelijke gevallen is dus geen belasting verschuldigd.

In artikel 4, lid 1, onder b. van de Wet op het BTW compensatiefonds (Wet BCF) staat dat het BTW compensatiefonds niet geldt voor prestaties die indien zij door een ondernemer worden verricht, zijn vrijgesteld ingevolge artikel 11 Wet OB. Onderwijs is vrijgesteld op grond van artikel 11, lid 1, onder o. Wet OB. Daarom  is onderwijs uitgesloten van het BTW-compensatiefonds.

Het gaat bij dit onderwerp overigens in de meeste gevallen om de levering van de grond door de gemeente aan het schoolbestuur. Voor het schoolgebouw krijgt het schoolbestuur namelijk op basis van de criteria en vergoedingsnormen van de modelverordening voorzieningen huisvesting onderwijs een bepaalde vergoeding. Deze vergoeding is inclusief BTW. Voor de werken/diensten/leveringen van 'derden' betaalt het schoolbestuur als bouwheer van het schoolgebouw (artikel 103 van de Wet op het primair onderwijs (WPO)) gewoon BTW.

Eventuele belastingkosten voor de overdracht van grond behoren tot de component ‘kosten voor terreinen’ (bijlage IV van de modelverordening voorzieningen huisvesting onderwijs). Voor die component is geen genormeerd bedrag per vierkante meter opgenomen, aangezien de gemeente het bouwrijpe terrein om niet beschikbaar (eventueel na aankoop) stelt en het juridisch eigendom overdraagt aan het schoolbestuur. Dit betekent dat dit onderdeel altijd in beeld wordt gebracht op basis van de feitelijke kosten.