Op grond van het gestelde in artikel 2 van de Regeling GPK moet de aanvrager een geneeskundig onderzoek hebben ondergaan alvorens een GPK kan worden verstrekt. In de regeling is niet aangegeven dat de kosten van een dergelijk onderzoek voor rekening komt van de met afgifte belaste instantie. De kosten zijn, vergelijkbaar met bijvoorbeeld de kosten voor een constructieberekening voor een bouwvergunning, voor rekening van de aanvrager.
Dit wordt gesteund door het bepaalde in de artikelen 4:2 en 4:3 van de Algemene wet bestuursrecht. Een aantal gemeenten laat de kosten voor de keuring ten laste komen van bijvoorbeeld de WMO. Gemeenten zijn daarin vrij. Overigens is de GPK in de regel 5 jaar geldig, dus per saldo zullen de jaarlijkse kosten voor de kaart meevallen.